Concepito per ospitare una serie di dipinti che celebrano i miracoli del fondatore del Collegio, il Salone San Pio, oltre ad essere lo spazio di accesso alla Cappella, è utilizzato per mostre, conferenze e concerti. Tra le tele di maggior pregio vanno ricordate: Il crocifisso ritira i piedi (avvelenati) al bacio del papa e Il ritratto del papa fa spegnere un incendio di Luigi Scaramuccia; San Pio libera l’ossessa di Giovanni Peruzzini; La visione di Pio V della battaglia di Lepanto di Giovanni Battista del Sole